Церковный Музей юридически был основан 4 апреля 1904 г. с учреждением в Кишиневе Церковного историко-археологического общества усилиями выдающегося бессарабского ученого Иоанна Халиппы.

Согласно уставу, целью Общества являлось многостороннее изучение прошлого местной Церкви, начиная с зарождения христианства в пределах Бессарабии. Деятельность Общества была направлена на поиск, сохранение и изучение памятников, относящихся к созданию церквей, учреждению приходов, церковной иерархии как высшей, так и низшей, религиозно-нравственной жизни духовенства и мирян, образовательной ситуации, против распространения ересей и сект. Общество заботится о собирании письменных документов, относящихся к церковной части, также церковных книг, икон и вообще всех церковных вещей, доводит до сведения, описывает, обрабатывает археолого-церковный, исторический и этнологический материал, хранящийся в учреждениях и у частных лиц.

Для реализации предложенных целей Общество получило право на хранение церковных древностей, музей, библиотеку, архив и право на издание журнала. Так, в течение 1909-1934 гг. Общество издавало научный журнал, в котором дебютировали румынские иерархи, священники, богословы и исследователи из Бессарабии, а затем и со всей Румынии. Было напечатано аж 24 тома.

Общество преследовало и другую цель, предусмотренную уставом, а именно: пополнение фонда церковного музея.

20 мая 1920 г. музей посетили король Румынии Фердинанд I и королева Мария с королевской принцессой Елизаветой. Музей также принимал митрополита Мирона Кристя (будущего патриарха Румынской православной церкви), Октавиана Гога — министра по делам религии, Виссариона Пую — епископа Аргешского, прибывших в Кишинёв по случаю инаугурации митрополита Гурия Гроссу. В 1919 г. музей посетил О. Тафрали — профессор Ясского университета. 28 октября того же года Николай Йорга, заинтересовавшийся сокровищами музея, записал свои впечатления в золотой книге посетителей: «Я осмотрел прекрасную коллекцию, взяв на себя труд обогатить ее, я восхищался тем, что может сделать любовь, соединенная с верой и трудолюбием».

До 1940 г. музей располагался в здании Епархиального Дома на бульваре Императора Александра, прозванного «Серафимовским домом» в честь архиепископа Кишиневского и Хотинского Серафима Чичагова, основателя этого здания. В 1941 г. здание было взорвано советскими войсками, а затем, после окончания войны, полностью разрушено.

В 1940 г. музей был эвакуирован в Румынию. С восстановлением церковной жизни в Бессарабии в 1941 г. возникла проблема возрождения музея, инициатором которой стал приходской священник церкви Святых Архангелов иерей Павел Михаил. Исследователь Георгий Безвикони отмечает, что «…в старом доме митрополита Гавриила, напротив церкви, был восстановлен Историко-церковный музей Бессарабии, который ранее находился в фонде незабвенного Иосифа Пархомовича…». Именно здесь в первые годы своей деятельности в качестве митрополита Кишиневской и Хотинской епархии жил Гавриил Бэнулеску-Бодони. Здание, построенное в 1792 году, находилось рядом с церковью Святых Архангелов Михаила и Гавриила, известной также как Старый собор. Спустя 150 лет участок зарос безвкусными с архитектурной точки зрения постройками и синагогой, что не только испортило аутентичный вид, но и затруднило доступ к святыне.

24 мая 1942 года, после визита губернатора Бессарабии Константина Г. Войкулеску, отец Павел добивается сноса 28 зданий и синагоги, построенных на территории церковного кладбища, расширения и мощения дороги к старому Собору, восстановления резиденции митрополита Гавриила, превращения ее в Церковный Музей. Работы были выполнены за пять месяцев под непосредственным руководством губернатора, за счет средств Дирекции романизации, с архитектурным проектированием Теодора Дуческу и подрядными работами Петре Лупеску.

На протяжении всего этого периода основателем и главным помощником музея был иерарх Бессарабской церкви, который искал пути комплектования и пополнения коллекции музея церковными предметами, книгами и традиционными румынскими предметами.

Была также создана комиссия по организации музея, которую возглавил Ефрем Енэкеску, архиепископ-лейтенант Кишинева. В состав комиссии вошли директор департамента образования и религии Титус Хотног, директор Государственного архива Л.Т. Бога, директор Регионального музея Бессарабии Иосиф Лепши, священники Николае Болбочану, Александру Северин и Павел Михай. Комиссия также получила 126 200 леев на организационные расходы музея.

Открытие церковного музея в Кишиневе состоялось 1 ноября 1942 г. во время торжеств, посвященных освобождению Бессарабии.
На торжественном открытии нового здания присутствовали руководство города, бессарабские иерархи и духовенство, представители интеллигенции и многие жители Бессарабии.

В библиотеке музея хранился и официальный документ, подписанный на пергаменте, украшенном каймой: «В этом доме, построенном в 1792 году, находилась резиденция первого митрополита Бессарабии Гавриила Бэнулеску — коренного румына».
В нем рождались и составлялись важные документы, касающиеся защиты старых законов Молдавии и обычаев края, а также новой организации церковно-административной жизни в Бессарабии. Митрополичий престол при Гаврииле Бэнулеску (1812-1821 гг.) вместе со Старым собором стал средоточием ученого света, источником мудрости и утешения для молдавских румын. Через год  Высший совет Бессарабии из христианских и румынских побуждений решил восстановить это здание и устроить в нем церковный музей под контролем и в повиновении Кишиневской архиепископии. Открытие этого церковного музея состоялось 1 ноября 1942 года, в дни правления Его Величества Короля всех румын Михая I…».

Таким образом, по инициативе Павла Михаила и при поддержке руководства Бессарабии и местной администрации «путем преобразования старого разрушенного дворца первого митрополита Бессарабии в церковный музей, здание сохраняется как памятник старой молдавской архитектуры, возвращая Церкви бывшую митрополию с участком земли более 2 га.
Город Кишинев обогатился поселением с высокой исторической и церковной культурой, с прекрасным и широким видом на окружающие холмы, а румынский народ — свидетельством исторического и церковного прошлого Бессарабии».

Но деятельность музея продолжалась недолго. С приходом советских войск работа отца Павла Михаила была приостановлена, и нетронутое наследие бесследно исчезло.

После 1944 г. музей был разрушен, музейное наследие было эвакуировано в местечко Плопшор, жудец Долж в Румынии. Когда советская армия оккупировала Румынию, ящики с музейным имуществом исчезли. Дальнейшая судьба экспонатов неизвестна.

Хранитель музея — отец Павел Михаил, много потрудившийся над восстановлением и сохранением церковных древностей, очень страдал после разрушения музея и исчезновения музыкальных предметов.
Он с болью в сердце вспоминает: «[…] Остался Историко-церковный музей, полный старинных книг и рукописей, сокровищница историко-церковного прошлого Бессарабии, с документами, предметами искусства и облачениями. Сколько архиерейских митр, сколько книг и Евангелий, одетых в золото и серебро, сколько старинных кипарисовых крестов, сколько облачений и икон! Казания митрополита Варлаама, Жития святых Дософтея, Библия Шербана Кантакузино, Мученичество св. Иоанна Златоуста, Евангелия, румынские и славянские, греческие и русские рукописи […]».

Здание музея было снесено вместе со Старым собором в 60-х годах 20 вв. Вместо Старого собора  был построен кинотеатр «Москова», позднее преобразованный в театр «Еужен Ионеско». Здание Епархиального дома было снесено тоже в 1960 году, когда в районе произошли градостроительные изменения, и власти установили памятник, посвященный героям-комсомольцам.

5 ноября 2021 г., в связи с 200-летием со дня смерти митрополита Гавриила Бэнулеску-Бодони и особенно после его канонизации, в районе театра «Еужен Ионеско» начались археологические раскопки  «в поисках фундамента здания церковного музея и дома, где митрополит Бэнулеску-Бодони жил первые годы».
Здание находилось рядом с церковью «Святых Архангелов Михаила и Гавриила» и было взорвано коммунистами в 63-м году 20 вв. в рамках советской перестройки города. Его следы были стерты…

В этом районе были обнаружены и частично исследованы фундаменты здания и трех подземных каменных сооружений, снесенных в 1960-х годах.

Планируется также начать проект по сохранению и музеефикации следов исчезнувших зданий: церкви Архангелов Михаила Гавриила (Старый собор) и Церковного музея на участке, прилегающем к театру.

Текст составлен на базе статьи , написанной священником Максимом Мелинти.