История музея начинается в 1889 году, когда земство Бессарабии организовало первую сельскохозяйственную и промышленную выставку, которая и послужила основой для создания музейного учреждения. Самый старый музей в Республике Молдова, его название часто менялось на протяжении многих лет. Сегодня в нем хранится огромное наследие, насчитывающее около 135 тысяч экспонатов.
Постоянная выставка работает под названием «Природа. Человек. Культура», площадь которой составляет более 2000 м2.
В музее также есть Временный выставочный зал, в котором проводятся разные семинары, мастер-классы и выставки, как из своего наследия, так и из наследия других музеев страны и зарубежья. Выставки поделок мастеров стали традиционными и организуются каждый год.
В музее регулярно проводятся фольклорные мероприятия, национальные и международные конкурсы и фестивали, на которых демонстрируется народное творчество со всех уголков страны.
На территории музея также находится свой Ботанический сад с виварием, в котором собраны самые распространенные виды растений, деревьев и кустарников с территории Республики Молдова, а также экзотические птицы, рептилии и рыбы.

Здание музея построено по проекту архитектора В. Циганко. Строительство здания было завершено в 1905 году, а торжественное открытие состоялось в июне 1906 года.