После присоединения Бессарабии к Российской империи в 1812 году, армянский архиепископ (1809-1828) Молдо-Влахии Григор Закарян был вынужден переехать в Кишинёв, и его титул был ограничен архиепископом армян Бессарабии, хотя армяне вдоль Прута продолжали подчиняться ему.  400 приходов и 5 церквей из Аккермана, Исмаила, Тигины, Кишинёва и Хотина (армянской общины региона) перешли под юрисдикцию Бессарабской епархии.
Армянская апостольская церковь «Святая Богородица» в Кишинёве была построена в 1803 году на фундаменте старой разрушенной молдавской церкви. Молдавская была построена в 1645 году, во время правления господаря Василе Лупу (1634-1653). Она была посвящена Святому Николаю и была также известна как «Бисерика Домняскэ» /»Церковь царствующего правителя». Частые нашествия татар, несколько землетрясений и разрушения, вызванные русско-турецкими войнами, изуродовали ее  настолько, что к 1741 году она был полностью разрушена.
В начале 19 века землю и то, что осталось от церкви, когда-то основанной Василе Лупу, у местных властей выкупил один богатый армянин. Это был барон Оганес, который внес свой вклад в возведении храма, в память о своих родителях, в 1803 году.
В советский период, по словам представителей армянской общины, церковь использовалась как склад. Из архивных документов известно, что его переоборудование в складское помещение произошло летом 1944 года.
Несмотря на то, что религиозная деятельность здания была приостановлена, оно продолжало собирать всех армян Молдавской ССР, став символом сохранения их духовного единства и идентичности — «армянская община всегда собиралась вокруг церкви, даже когда она была закрыта».
В 1992 году армянская община вновь стала владеть Армянской церковью. Церковь возобновила свою деятельность 19 июня 1993 года, когда ее торжественно открыл глава Московской и Нахичеванской Епархии в присутствии высокопоставленных лиц.

*****

Кем был Манук Бей?
Армянин, Эмануил Марзаян родился в 1769 году в городе Русчук в богатой купеческой семье. После смерти родителей и женитьбы на богатой армянке он взял в свои руки семейный бизнес и наладил торговые связи с Константинополем. Благодаря своему таланту налаживать отношения, давать взятки и чувствовать возможности, он вскоре стал самым богатым человеком на Балканах. Одним из первых, кого он подкупил, был губернатор Русчука, который предложил ему крупную сумму денег в обмен на гарантии его импортно-экспортного бизнеса.

Он также обратил своё коммерческое внимание на Румынию и, благодаря знанию нескольких языков и предпринимательской жилке,  попал в большую милость к правителю Константину Ипсиланти, от которого получил титул сердара и пахарника. Обладая замечательной политической интуицией, он почувствовал приближение русско-турецкой войны и в 1806 году через высокопоставленных посредников, таких как правитель Мунтении и российский консул в Яссах, попросил и получил российское гражданство.

Во время русско-турецкой войны 1806-1812 годов Манук обратил свой основной бизнес на Валахию, где начал строить в Бухаресте постоялый двор, носящий его имя. Он также приобрел большие поместья в Валахии.

Пользуясь доверием османов, паша поручил Мануку снабжать армию, содержать дунайские крепости и вести переговоры с русскими.

Он также завоевал доверие Мунтении, предложив Румынской стране заем в 160 000 талеров без процентов и выплатив (безвозвратно) долг туркам в 60 000. В то же время турки пожаловали ему титул бея (князя) Молдавии.

Манук бей (де факто двойной агент) официально доверенное турецкое лицо и агент Российской империи, участвовал и организовывал у себя в гостинице переговоры по окончании русско-турецкой войны 1812 года, переговоры, которые для нас закончились потерей Бессарабии. За это царь Александр I наградил его медалью кавалера ордена Святого Владимира.

После короткого путешествия в Сибиу, предусмотрительный Манук Бей переехал в Кишинев, где в 1816 году купил поместье площадью 10 гектаров в  городке Хынчешть за 300 000 лей золотом. Он не успел увидеть здесь свой готовый дворец, так как погиб при подозрительных обстоятельствах 20 июня 1817 года в возрасте всего 48 лет в результате несчастного случая на охоте, в которой участвовали русские генералы, или, по другим анонимным источникам, был убит османами за государственную измену.

Он был похоронен во дворе армянской церкви в Кишиневе.