Музей был создан 21 декабря 1983 года. Его название несколько раз менялось, и в конце концов он получил свое современное название.
В настоящее время Национальный Музей Истории Молдовы подчиняется Министерству Культуры Республики Молдова, а его научная деятельность координируется Академией Наук. Его штаб-квартира находится в здании бывшей гимназии для мальчиков в Кишинёве.
Музей разделён на несколько частей: Археология и Античная История, Средневековая История, История Бессарабии, Современная История, Клады. Национальный музей истории Молдовы располагает коллекцией, состоящей примерно из 300 тыс. предметов, представляющих историческую ценность: археологические находки, документы, фотографии, нумизматика, предметы повседневного обихода, декоративное и художественное искусство.

В 1991 году для посетителей была открыта первая постоянная историческая выставка «Pagini de istorie multimilenară», охватывающая исторический период с древнейших времен до 1940 года.
В августе 1990 года на первом этаже музея была торжественно открыта диорама Яссо-Кишинёвской операции, а в 1994 году в подвале была открыта выставка благородных металлов — «Tezaur».
Сегодня в Национальном музее истории Молдовы хранится 348 619 экспонатов культурного наследия страны.