Fondul muzeului cuprinde peste 20 de mii de piese, fotografii, documente și obiecte militare. Exponatele au fost colectate de angajații instituției de la cetățenii din oraș. O parte din exponate au aparținut Armatei Naționale.
Pe lângă sala dedicată conflictului armat din Transnistria, în incinta muzeului, găsim și alte săli de expoziție permanentă – pornind la perioada antică, războaiele daco-romane, perioada medievală, cea modernă. Aici aflăm despre războaiele ruso-turce, primul război mondial. Avem și perioada interbelică, dar și cel de-al II Război Mondial.
Chiar la intrare în Muzeul Militar, vizitatorii pot afla mai multă informație utilă despre constituirea Sfatului Țării.
În 2015 în incinta muzeului a fost deschis și un compartiment care reflectă evenimentele din 28 iunie 1940 – 5 martie 1953, dedicate celor trei valuri de deporări în masă.