După alipirea Basarabiei, în 1812 la Imperiul Rus, arhiepiscopul armenilor (1809–1828) din Moldo-Vlahia, Grigor Zakarian, a fost nevoit să se mute la Chișinău, titlul fiindu-i limitat la cel de arhiepiscop al armenilor din Basarabia, deși armenii de peste Prut continuau să i se subordoneze. Sub jurisdicția eparhiei armene din Basarabia intrau cele 400 de parohii și cinci biserici (Akkerman, Ismail, Tighina, Chișinău, Hotin) ale comunității armenești din regiune.
Biserica Apostolică Armeană „Sfânta Maica Domnului” din Chișinău datează din a. 1803, fiind construită pe fundamentul unei biserici moldovenești deteriorate vechi. Edificată la 1645, pe timpul domniei lui Vasile Lupu (1634–1653), aceasta purta hramul „Sf. Nicolae” și i se mai spunea și Biserică Domnească. Desele invazii ale tătarilor, câteva cutremure de pământ și distrugerile cauzate de războaiele ruso-turci au distrus-o într-atât, încât la 1741 era total ruinată.
La începutul sec. XIX, terenul, și ceea ce a mai rămas din biserica ctitorită altădată de Vasile Lupu, a fost cumpărat de către un armean de la autoritățile locale. Este vorba despre baronul Oganes, care a contribuit la apariția locașului în memoria părinților săi în anul 1803.
În perioada sovietică, potrivit comunității armene, biserica a fost utilizată în calitate de depozit. După documentele din arhivă cunoaștem că transformarea acesteia în locație de păstrare a unor bunuri a avut loc în vara anului 1944.
În pofida faptului că edificiului i s-a suspendat activitatea religioasă, acesta a continuat să-i adune pe toți armenii din RSS Moldovenească, devenind simbolul păstrării unității spirituale și identitare a acestora – „comunitatea armeană tot timpul s-a adunat în preajma bisericii, chiar și atunci când era închisă”.
Comunitatea armeană a intrat în posesia Bisericii Armenești din nou în 1992. Biserica și-a reluat activitatea la 19 iunie 1993, când a fost inaugurată de șeful Eparhiei Moscovei și a Nahicevanului, în prezența înalților demnitari, urmând să fie slujită de un preot repartizat de Patriarhia Armeană de la Etchimiadzin.

*****

Cine a fost Manuc Bey?
Armean, Emanuel Mârzaian s-a născut în 1769 la Rusciuc într-o familie de negustori bogaţi. După moartea părinţilor şi căsătoria cu o armeancă bogată, a preluat afacerea familiei şi a stabilit legături comerciale cu Constantinopolul. Graţie talentului de a cultiva relaţiile, de a corupe şi a sesiza oportunităţile a ajuns destul de repede cel mai bogat om din Balcani. Una din primele persoane pe care le-a corupt a fost guvernatorul Rusciucului căruia i-a oferit o sumă mare de bani în schimbul garantării afacerilor sale de import şi export.

Orientându-şi afacerile şi spre Ţara Românească a intrat în graţiile domnitorului Constantin Ipsilanti de la care a obţinut demnităţile de serdar şi paharnic. Cu o intuiţie politică remarcabilă a sesizat apropierea războiului ruso-turc şi în 1806 prin înalţi interpuşi cum a fost domnitorul muntean şi consulul rus la Iaşi, a cerut şi a obţinut cetăţenia rusă.

În timpul războiului ruso-turc din 1806-1812, Manuc şi-a orientat principalele afaceri în Ţara Românească unde a început să construiască hanul ce-i poartă numele în Bucureşti. Tot în Ţara Românească a cumpărat mari moşii.

Bucurându-se de încrederea otomanilor Manuc a fost însărcinat de paşă să aprovizioneze armata, să întreţină cetăţile dunărene şi să facă negocieri cu ruşii.

A căpătat şi încrederea muntenilor oferind Ţării Româneşti un împrumut de 160000 taleri fără dobândă şi plătindu-i (nerambursabil) o datorie către turci de 60000. Între timp turcii i-au acordat şi tilul de bei sau principe al Moldovei.

Om de încredere al turcilor, agent al imperiului rus, Manuc bei a luat parte şi a găzduit în hanul său negocierile de la terminarea războiului ruso-turc în 1812, negocieri care pentru noi s-au soldat cu pierderea Basarabiei. Pentru aceasta ţarul Alexandru I l-a decorat cu medalia Cavaler al Ordinului Sfântul Vladimir.

După o scurtă pribegie pe la Sibiu, prudentul Manuc Bei s-a mutat la Chişinău unde în 1816 cu 300000 lei-aur a cumpărat în o moşie de 10 ha la Hânceşti. N-a apucat să vadă palatul terminat pentru că a murit în condiţii suspecte la 20 iunie 1817 la numai 48 de ani la un accident de vânătoare, la care participau generali ruşi, sau, după alte surse anonime, a fost omorât de otomani pentru înalta trădare.

A fost înmormântat în curtea Bisericii  Apostolice Armenești din Chişinău.