Format la 21 decembrie 1983. Denumirea i-a fost modificată de câteva ori, ca, în sfârșit, să poarte numele actual.
Actualmente Muzeul Național de Istorie a Moldovei este subordonat Ministerului Culturii al Republicii Moldova, activitatea sa științifică fiind coordonată de către Academia de Ştiințe. Sediul se află în clădirea fostului gimnaziu de băieți din Chișinău.
Patrimoniul muzeului, constituit inițial din fondurile Muzeului Gloriei Militare și colecțiile de istorie ale Muzeului de Stat de Istorie și Studiere a Ţinutului Natal, s-a îmbogățit an de an cu piese tot mai semnificative și de o reală valoare științifică prin cercetare, donații și achiziții.
La creșterea și diversificarea patrimoniului au contribuit deopotrivă, în anii 1989-1995 și 2006-2007, și transferurile masive de patrimoniu dintr-un șir de muzee desființate – Muzeul Republican al Prieteniei Popoarelor, Muzeul de Istorie a PCM, Muzeul Republican al Istoriei Comsomolului, Muzeul Republican “G. I. Kotovski și S. Gh. Lazo”, Muzeul Republican de Istorie a Religiei, Muzeul Memorial al Voluntarilor Bulgari și Muzeul de Arheologie al AŞM.
În anul 1991 este deschisă pentru public prima expoziție permanentă de istorie “Pagini de istorie multimilenară”, cuprinzând perioada istorică din cele mai vechi timpuri până în anul 1940.
În august 1990, la parterul muzeului, este inaugurată diorama operației Iași-Chișinău, iar în 1994, la demisol, este deschisă expoziția din metale nobile – “Tezaur”.
Astăzi Muzeul Național de Istorie a Moldovei deține 348 619 piese din patrimoniul cultural al țării.